Night Head 2041 bercerita tentang Naoto Kirihara dan Naoya Kirihara pasangan adik kakak yang sejak masih muda dipenjara di fasilitas ilmiah yang aman karena mempunyai kekuatan supranatural yang terbilang berbahaya. Singkat cerita setelah sekian lamanya Naoto dan Naoya pun bisa kabur dari tempat tersebut karena penghalang yang mengurung mereka tidak berfungsi dengan baik. Karena keberadaan Kirihara bersaudara yang berbahaya, pemerintah pun mengutus Takuya Kuroki dan Yūya Kuroki. Serial ini …

Kimizuka Kimihiko, anak SMA kelas 3 mantan asisten dari detektif Siesta. Tiga tahun lalu, di ketinggian 10.000 meter di atas permukaan tanah, Kimihiko bertemu Siesta di dalam pesawat yang dibajak. Insiden itu menjadi awal petualangan keduanya ke seluruh dunia untuk menyelesaikan berbagai kasus. Namun, perjalanan mereka harus berakhir tiga tahun kemudian setelah kematian Siesta.Ditinggal sendiri, Kimihiko memutuskan untuk menjalani kehidupan sekolahnya dengan normal. Namun, hari-hari damainya j…